有机杀菌剂分为噁霉灵、嘧霉胺、霜脲氰、二氯异氰尿酸钠等。
（1）噁霉灵。
属内吸杀菌剂，被植物的根吸收并在根系内移动，在植株体内代谢产生两种糖苷，对作物有提高生理活性的效果，促进根部生长，提高幼苗抗寒力。
噁霉灵是一种优良的土壤消毒剂，对土壤中的腐霉菌、镰刀菌有高效，土壤施药后，药剂与土壤中的铁、铝离子结合，抑制病菌孢子萌发，而对土壤中病菌以外的细菌、放线菌的影响很小，所以对土壤中微生物的生态不产生影响，因而常用作种子消毒和土壤处理，与福美双混用则效果更好。
防治西瓜枯萎病，用30%水剂600～800倍液，喷淋苗床或本田灌根。
防治黄瓜、番茄、茄子、辣椒的猝倒病、立枯病 ，在发病初期喷淋15%水剂1000倍液，每平方米喷药液2～3千克。
防治黄瓜枯萎病，定植时每株浇灌15%水剂1250倍液200毫升。
（2）嘧霉胺。
属苯氨基嘧啶类杀菌剂，对灰霉病有特效。还可用于防治梨、苹果黑星病。其杀菌作用机理独特，通过抑制病菌侵染酶的分泌从而阻止病菌侵染并杀死病菌。因而对常用的非苯氨基嘧啶类杀菌剂已产生抗性的灰霉病仍有特效。
嘧霉胺具有保护和治疗作用，同时具有内吸和熏蒸作用。施药后能迅速被内吸并传导到花、幼果等喷雾不易达到的部位，杀死已侵染的病菌，药效快面稳定，且受气温影响很小，在较低温度下施用，保护和治疗作用同样好。在推荐用药量下使用对作物安全，在作物生长 季节的任何时期都可使用。
防治黄瓜、番茄灰霉病，在发病前或发病初期开始喷药，一般亩用有效成分 25～37.5克，折合40%悬浮剂或可湿性粉剂63～94克，或20%悬浮剂或可湿性粉剂125～188克，或30%悬浮剂85～125克或37%悬浮剂68～100克，对水喷雾。7～10天喷1次，共喷2～3次。在通风不良的棚室中，如果用药量过高，可能导致部分作物叶片出现褐色斑点。
（3）霜脲氰。
该药的杀菌谱与甲霜灵相同，对霜霉菌、疫霉菌有特效，现已证实与甲霜灵、噁霉灵之间无交互抗性。在出现抗甲霜灵、噁霉灵的病区，改用霜脲氰仍有效。但使用该药单剂的药效不突出，持效期也短，与保护性杀菌剂混用，增效明显。如霜脲-锰锌混剂已广为使用。
（4）二氯异氰尿酸钠。
二氯异氰尿酸钠是一种高效、广谱、新型杀菌剂，它的消毒杀菌能力强，抑制孢子萌发，抑制菌丝生长，能用于防治多种真菌、细菌、病毒引起的病害，使用安全、简便、用量少、药效持续时间长。
用于防治柑橘炭疽病、黄瓜霜霉病、番茄早疫病、辣椒根腐病、茄子灰霉病、平菇木霉菌等病害。防治黄瓜霜霉病、番茄早疫病用40%二氯异氰尿酸钠可溶性粉剂600～800倍对水喷雾。
